Jonathan Togo wurde am 25. August 1977 in Rockland, Massachusetts geboren. Die Eltern von Jonathan Togo, welcher den Spitznamen „Jon“ trägt, heißen Michael und Sheila. Seine Mutter, Sheila, ist italienisch-irischer Abstammung, sein Vater ist jüdisch-ukrainischer. Als Kind war Jonathan Togo an der Hebrew School und machte im Jahr 1995 seinen Abschluss an der Rockland High School. Anschliessend wechselte Jonathan Togo zum Vassar College, wo er einen Abschluss in Theater machte. Während seines Studiums am Vassar College, war Jonathan Togo Mitglied einer Band namens The Conquistadors zusammen mit John Conway und Sam Endicott, die heute beide Mitglieder in der Gruppe The Bravery sind.
Wirklich bekannt wurde Jonathan Togo allerdings erst seit er ab der 3. Staffel der Serie den Polizisten Ryan Wolfe in CSI: Miami spielt, welcher als Ersatz für den ermordeten Tim Speedle (Rory Cochrane) ins Team gekommen ist.